海關基于貿易安全的考慮，將申請AEO認證企業的商業合作伙伴也納入到了審核范圍之內，審查的重點在于該商業伙伴的安全控制措施。海關進行審核時，首先對申請企業用于選擇、評估和考核該商業伙伴的書面文件進行審查；其次，還要審核該商業伙伴是否在內部建立了符合認證標準的評估制度，并在與申請企業之間簽訂的協議中明確了AEO認證中有關貿易安全的標準以及實際執行情況。此外，如果申請企業是一家貿易型企業，則海關還會抽取與其有商業合作關系的一家國內主要供應商，并對該供應商的貿易安全進行實地檢查。如該供應商屬于海關AEO認證企業，可免于相關評估及檢查手續。

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